بعد از موفقیت‌های تیم‌های آکادمی استقلال در رقابت‌های پایه، اتهامی مبنی بر ثبت غیر قانونی بازیکنان استقلال در هیات فوتبال و صدور کارت بازی برای بازیکنان آکادمی در خبرگزاری‌ها و برخی رسانه‌ها منتشر شد.
بعد از طرح شکایات آکادمی کیا و پیکان از استقلال، پرونده‌ای در کمیته انضباطی تشکیل شد که در نهایت کمیته انضباطی رای به برائت آکادمی باشگاه استقلال داد و اعلام کرد در ثبت قرارداد و صدور مجوز بازی به بازیکنان هیچ تخلفی صورت نگرفته است.
در همین رابطه، احمد مددی مدیرعامل استقلال، در گفت‌وگو با سایت رسمی این باشگاه، گفت: الحمدالله که پاکی و درستکاری تیم‌های پایه استقلال در این ماجرا ثابت شد. استعدادهای آینده‌دار استقلال به حق قهرمان دو رده پایه شده‌اند و در دو رده دیگر هم روي سکو ایستاده‌اند.
وی افزود: از جریان سازان این اتهام که خودشان تخلفشان قطعی شده، تعجب می‌کنم که با علم بر اینکه تخلفی رخ نداده، این جریان را برای لوث کردن موفقیت‌های تیم‌های پایه استقلال ایجاد کردند. جهت تنویر افکار عمومی اعلام می‌کنم که اگر لیگ پایه چند ماه دیرتر آغاز شد یا اگر بازی‌ها رفت و برگشت نبود، یک ظلم یا عدل مساوی برای همه تیم‌ها بود. به دلیل شیوع کرونا و با تصمیم مراجع ذی‌صلاح، لیگ پایه دیرتر آغاز شد. خوشبختانه ادعای باطل آقایان ثابت شد و آکادمی استقلال موفق شد در ۴ رده پایه، دربی را از آن خود کند و نتایج درخشانی کسب کند و خلاف ادعای اين افراد ثابت شد.